个人独资企业不全部都是核定征收。税务机关采用两种办法对个人独资企业进行所得税征收：
1、查账征收，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
2、核定征收，采用按企业销售收入乘上应税所得率来计算应纳税所得额。
《中华人民共和国税收征收管理法》
第五条
国务院税务主管部门主管全国税收征收管理工作。各地国家税务局和地方税务局应当按照国务院规定的税收征收管理范围分别进行征收管理。地方各级人民政府应当依法加强对本行政区域内税收征收管理工作的领导或者协调，支持税务机关依法执行职务，依照法定税率计算税额，依法征收税款。各有关部门和单位应当支持、协助税务机关依法执行职务。税务机关依法执行职务，任何单位和个人不得阻挠。